La chiesa è sorta
insieme al monastero annesso delle monache benedettine, ora soppresso.
Fu compiuta nel 1602, come testimoniano le iscrizioni che si leggono
sulla volta. La facciata del tardo '500 è a forma bipartita.
Belli i portali di travertino, sopra cui si estendono dei festoni e
altri ornati di stucchi. Nella parte superiore si notano due belle
finestre con un ovale in alto. Un bel timpano completa l'opera, che si
impone per armonia di linee e proporzioni.L'interno si presenta nel suo insieme armonico e solenne, ad una sola navata; si nota la nascente linea barocca piena di nobiltà e luminosità. Sulla volta si notano dei bei stucchi, di cui quello centrale più grande, rappresenta Santa Margherita, che si impone per la linea e per l'arditezza del rilievo. Alle pareti il pennello degli Zuccari (forse Federico) ha lasciato una sequenza di episodi della vita della Santa di Antiochia, dalla sua cattura, alla flagellazione, alla prova dell'olio bollente ed alla decapitazione, in cui il realismo viene contemperato dalla espressione manieristica.
Le tele dell'altare maggiore e dell'altare di sinistra sono attribuite al Pomarancio. Intorno agli altari laterali si osservano altri affreschi raffiguranti immagini di santi, mentre un ornato grottesco agilissimo viene a dare vivacità alle linee della piccola abside. Sotto la chiesa, corre una parte del tratto urbano dell'acquedotto romano della Formina, che entra in città passando dall'ex monastero di S. Margherita, ora trasformato in abitazioni popolari.